Как показывает практика, звуки си-бемоль, си малой октавы, до-диез, ре и ре-диез первой октавы звучат ниже общей настройки инструмента. Отклонения этих звуков от нормы настройки могут быть устранены лишь с помощью амбушюра: усилием нажима нижней губы на трость, что приводит к уменьшению у последней частоты колеблющейся площади. К числу заниженных звуков относится также и звук, ля первой октавы. Звуки же до, до-диез, ре, ми, ля второй октавы, до и до-диез третьей октавы имеют завышенную настройку. В этом случае саксофонист может изменить высоту звука как с помощью мышц амбушюра, дыхания, так и использовать возможность вспомогательной аппликатуры.
При корректировке интонации необходимо знать, что дополнительное открывание клапанов, находящихся рядом с данной аппликатурой, повышает высоту извлекаемого звука и, наоборот, дополнительное закрывание – понижает. Весьма полезным здесь может оказаться прием проверки неточных по высоте звуков под какой-нибудь инструмент с фиксированной настройкой, например: фортепиано, баян, аккордеон и т. п. Определив, таким образом, соответствующую высоте звука аппликатуру, саксофонист должен ее закрепить в процессе игры.