Исполнителю необходимо приобрести привычку – после каждого занятия делать саксофону «гигиеническую» чистку. С целью удаления с поверхности инструмента собравшейся грязи и кислотных накоплений рекомендуется тщательно протирать ее замшевой, хлопчатобумажной или иной мягкой тряпочкой. Внутреннюю полость трубки следует лучше протирать замшей, закрепленной на шнурке с небольшим грузом. Подмундштучную трубку обычно прочищают небольшим кусочком шерсти, закрепленным на конце мягкой проволоки. Регулярно следует чистить и мундштук, внутри звуковой камеры которого быстро собираются остатки жидкости, слюны, пищи. Кроме прочистки мундштук необходимо промывать теплой водой или дезинфицирующими, моющими средствами.
В ходе эксплуатации саксофона происходит загрязнение, а порой и коррозия клапанно-рычажного механизма. Протирать его следует осторожно, следя за тем, чтобы случайно не выбить пробки или пружинки с крючков. Для более качественного ухода за механикой саксофона можно использовать немного нафталина, который насыпается на протирочную тряпочку.